Si al teu ordinador vols arxivar, organitzar i donar nom automàticament als PDFs que tens a Mendeley per trobar-los de manera fàcil, pots fer-ho des de l'opció Tools 1, després a Options 2 i per finalitzar a File organizer 3.
Mendeley permet marcar i desmarcar les referències tants cops com sigui necessari, filtrar-les per determinades opcions i ordenar-les per: llegit/no llegit, favorits, autor, any... Mendeley també permet visualitzar els PDFs adjunts mitjançant un visor integrat.
Un cop tinguis un pdf dins de la teva biblioteca (fent un doble clic al damunt) podràs visualitzar-lo a través del visor de Mendeley (Mendeley’s PDF Viewer) 
i et permetrà:
Les notes creades a Mendeley Desktop només es visualitzen a Mendeley Desktop, per tant no les pots veure a Mendeley Web o a un visualitzador de documents (Adobe Reader).
Si vols imprimir el pdf amb les notes que hi has afegit tu o altres membres d'un grup privat has d'anar al menú File i escollir l'opció Print. Al quadre de dialeg escull Print annotations:
Si vols compartir el PDF, amb les notes que hi has afegit tu o altres membres d'un grup privat, amb altres persones que no tenen Mendeley, has d'anar al menú File i escollir l'opció Export PDF with Annotations. Al quadre de diàleg escolliu Article i Notes:
Mendeley et permet cercar i recuperar la informació d'un PDF. Si utilitzes l'opció Search pots cercar per autor, notes, publicació, etc.
Només has d'afegir els documents a la carpeta My Publications del menú de l'esquerra i és vincularan directament al teu perfil. Si guardes els documents en aquesta carpeta, llavors es poden recuperar des de Google Scholar, això facilita la teva difusió académica i investigadora.
El fet d'importar referències bibliogràfiques de diferents fonts d'informació pot generar duplicats en la teva biblioteca a Mendeley. Mitjançant l'opció Check for Duplicates, Mendeley detecta els duplicats tant en una carpeta determinada com en el conjunt dels documents.
Des del menú principal Edit/ Undo Merge Document pots desfer la unió dels duplicats.
