Zotero té per defecte una carpeta anomenada Mi biblioteca que inclou totes les referències que guardes. Pots crear-ne de noves de forma il·limitada i així pots organitzar les referències per temàtiques, projectes, etc.
Per fer-ho prem l’icona Nueva colección 
. Apareixerà una finestra emergent on hauràs d’introduir el nom de la col·lecció creada.
També pots crear subcol·leccions arrossegant una carpeta dins d'una altra o seleccionant una col·lecció amb el botó dret del ratolí i triant Nueva subcolección.
► Canviar el nom i esborrar col·leccions
Amb el botó dret del ratolí pots canviar el nom i esborrar col·leccions i subcol·leccions.
► Afegir referències a les col·leccions
Quan afegeixes referències des de la web Zotero et permet escollir en quina col·lecció vols guardar-les.
Les referències, però, poden estar a més d’una col·lecció. Per afegir a una col·lecció en concret referències que ja existeixen a la teva biblioteca cal que les seleccionis i arrosseguis des de la columna central a la col·lecció de destí. Les referències s’afegeixen a la nova col·lecció però no s’eliminen de la ubicació original.
► Eliminar referències de les col·leccions
A l’hora d’esborrar una referència has de tenir present que pot estar en més d’una col·lecció:
Si vols esborrar una referència d’una col·lecció en concret situa't a sobre i:
amb el botó dret del ratolí escull > Quitar elemento de la colección o
prem la tecla Supr. del teclat.
Si vols esborrar una referència de totes les col·leccions situa't a sobre i amb el botó dret del ratolí escull > Mover elemento a la papelera. Si l’has eliminat per error pots restaurar-la des de la Paperera.
Per saber a quina col·lecció o col·leccions tens emmagatzemada una determinada referència has de seleccionar-la i prémer la tecla Ctrl. D’aquesta manera la col·lecció o col·leccions que la continguin apareixeran ressaltades.
Pots personalitzar la informació de les referències que vols que es mostri a la columna central. Per fer-ho situa't a sobre de la línia que mostra els camps > botó dret del ratolí > escull els camps a mostrar prement sobre ells.
Un cop escollits els camps a visualitzar, pots ordenar les referències clicant sobre el nom de la columna.
Les etiquetes són paraules clau que ajuden a descriure la temàtica de les referències i que pots utilitzar per realitzar cerques dins de les teves col·leccions, elaborar llistes, etc.
Les pots importar automàticament a l’afegir referències o les pots crear manualment.
Si no vols que es recuperin de forma automàtica pots configurar-ho des del menú Editar < Preferencias < General desmarcant l’opció Etiquetar elementos automáticamente con palabras claves y encabezamientos de materia.
Per a afegir una etiqueta cal que seleccionis la referència i a la pestanya Etiquetas, prems el botó Añadir.
Amb el botó dret del ratolí pots canviar el nom de l’etiqueta, eliminar-la i assignar-li un color.
Les etiquetes es mostren a la part inferior de la columna esquerra. Al seleccionar una o més etiquetes a la columna central apareixeran només les referències que tinguin assignada aquestes etiquetes.
També podem afegir una etiqueta a un conjunt de referències. Per fer-ho cal que les seleccionem i les arrosseguem damunt de l’etiqueta que vulguem vincular.
Des de la icona Añadir adjunto 
o seleccionant la referència amb el botó dret del ratolí pots adjuntar fitxers a les referències de la teva biblioteca. També pots afegir enllaços a una pàgina web o a la ubicació de l'arxiu al teu ordinador.
Zotero obre els fitxers PDF en un lector integrat que es visualitza a la mateixa interfície però en una nova pestanya. Aquest permet subratllar el text amb diferents colors, seleccionar una zona i afegir notes.
El lector també permet:
La versió 6 de Zotero incorpora un editor de notes que possibilita donar format al text de les notes, subratllar amb diferents colors, inserir enllaços, citacions i fins i tot imatges.
A més, aquestes notes poden inserir-se directament als documents de Word, LibreOffice i Google Docs a través de l'opció "Add note". Si la nota incorpora una citació, aquesta apareixerà automàticament al generar la bibliografia.
► Afegir notes a col·leccions i/o referències
Pots fer-ho de diferents maneres:
Les notes afegides a les col·leccions es mostren tant en el panell central com dins la col·lecció, al nivell de les referències, i s'identifiquen amb la següent icona 
.
► Crear notes amb les anotacions dels PDF
Zotero permet crear una nota amb les notes (anotacions) afegides a un PDF. Les anotacions d'un PDF es visualitzen en una columna a la part esquerra i són resultat dels subratllats, notes i seleccions d'àrees que fem al text del document.
Aquesta nota que creada amb les anotacions després pot inserir-la al processador de textos a partir de "Add note".Pots fer-ho de dues maneres:
(part superior dreta de la pantalla) > Notas del elemento > + > Añadir nota de elemento a partir de las anotaciones. 
En ambdós casos veurem que sota la referència s'ha creat una nova línia que porta per nom "Anotaciones" i que conté la data de creació. Posant-hi a sobre pots veure-les a la part dreta de la pantalla i editar-les directament amb l'editor de notes.
A la barra d’eines tens dues opcions de cerca:
Cerca ràpida: a través de la casella de cerca 
Cerca avançada: a través de la icona de la lupa 
La cerca avançada et permet definir diferents criteris i condicions de cerca i també guardar cerques a través del botó Guardar búsqueda. Pots recuperar les cerques guardades a la columna esquerra com una col·lecció més. Es diferencien de les col·leccions creades amb una icona d'una lupa a sobre de la imatge de la carpeta.
El fet d'importar referències bibliogràfiques de diferents fonts d'informació pot generar duplicats a la teva biblioteca de Zotero.
Mitjançant l'opció > Elementos duplicados Zotero detecta els duplicats i una vegada detectats si els selecciones t'apareix l'opció Fusionar 2 elementos.
