Els taxons més utilitzats per a classificar els procariotes (bacteris i arqueus) i les terminacions obligatòries dels seus noms són: Divisió, Classe (-ia), Subclasse (-idae), Ordre (-ales), Subordre (-ineae), Família (-aceae), Subfamília (-oideae), Tribu (-eae), Subtribu (-inae), Gènere, Subgènere, Espècie i Subespècie (es prefereix al terme Varietat, que és un sinònim que no s'ha d'utilitzar). Es permet la creació d'altres taxons utilitzant el prefix -sub i el nom del taxó principal. Els taxons de rang inferior a Subespècies no estan regulats pel CINP.
Les regles i recomanacions més importants són:
- El nom científic dels taxons s'escriu en un estil de lletra diferent al text (Pseudomonadales, Pseudomonadaceae, Bacillus). En el cas del nom de l'espècie i de la subespècie, totes les lletres de l'epítet s'escriuen en minúscula (Staphylococcus aureus).
- El nom científic d'un subgènere pot ser inclòs en el nom de l'espècie, entre parèntesi i precedit de l'abreviatura “sub-gen.” (Acetobacter (subgen. Gluconoacetobacter) liquefaciens).
- L'epítet del nom científic de l'espècie pot constar de dues paraules a l'epítet, però han d'estar unides (Nocardia otitidiscaviarum).
- Els noms de les subespècies són trinominals i es formen afegint al nom de l'espècie un tercer terme específic de subespècie i és obligatori col·locar abans del tercer terme l'abreviatura del taxó (Bacillus subtilis subsp. niger).
- Encara que els taxons de rang inferior a subespècie no estan regulats pel CINP, el mateix codi inclou la llista de noms preferits i recomanacions per al seu ús. Entre els taxons que poden tenir interès en els àmbits dels estudis de la UdL, estan Quimiovar, Patovar, Phagovar, Morfovar i Serovar. El nom acompanya al nom científic de l'espècie a la qual pertany, precedit del nom del taxó (Staphylococcus aureus phagovar 81).
- El terme “soca” no correspon a un taxó de la classificació dels bacteris, sinó que s'utilitza per a referir-se als descendents d'una única colònia, formada per un nombre de bacteris sovint desconegut, en un cultiu pur i que comparteixen les mateixes característiques morfològiques, fisiològiques, bioquímiques i genètiques. Una soca està, per tant, associada a una espècie. Normalment, s'anomena mitjançant un codi que s'escriu darrere el nom de l'espècie i en el mateix estil de lletra que el text (Pseudomonas graminis CPA-7).
